Благочинием Апшеронского церковного округа руководит протоиерей Виталий Осипов, настоятель Свято-Покровского храма г. Белореченска. Благочиние образованно Указом правящего архиерея Высокопреосвященнейшего Исидора, митрополита Екатеринодарского и Кубанского.
История Православия на Кубани с конца XVIII века связана с переселением сюда казаков, которые в церковном отношении оставались в ведении епископов Екатеринославских. С 1799 по 1820 годы Кубань входила в состав Астраханской епархии, а с 1829 года — в состав Новочеркасской. С 1842 года она вошла во вновь учрежденную Кавказскую епархию, причем духовенство закубанских станиц было передано в подчинение главного священника Кавказской армии. В 1885 году произошло разделение Кавказской епархии, основная часть которой, включавшая территорию Кубанской области и Ставропольской губернии, была переименована в Ставропольскую епархию.
Начало образования самостоятельной Кубанской епархии было положено в 1916 году указом Святейшего Синода от 30 сентября о наделении викарного епископа Ейского особыми полномочиями и указом от 12 октября 1916 года о наименовании викарного епископа — Кубанским и Екатеринодарским. 21 декабря 1917 [1] года епископ Кубанский получил самостоятельность в управлении духовенством и приходами вверенной части Ставропольской епархии и свою особую печать.
Окончательное преобразование Кубанского викариатства в самостоятельную епархию произошло в мае 1919 года на Южно-Русском поместном соборе в городе Ставрополь, принявшем определение «о признании выделения Кубанского викариатства из Ставропольской епархии неотложно необходимым». 18 июня 1919 года Указом № 10 Временного Церковного управления на Юго-Востоке России было приведено в исполнение соборное определение. В нем записано: «Преобразовать Кубанское викариатство в самостоятельную епархию с оставлением наименования преосвященного — Епископом Кубанским и Екатеринодарским».
После революции 1917 года Церковь на Кубани разделила горькую участь и судьбу всей Российской Церкви. Немало святых из этих земель вошло в сонм новомучеников Российских, были уничтожены лучшие памятники храмового зодчества, закрылись все монастыри. В Екатеринодаре были разрушены до основания главный войсковой казачий собор Александра Невского и Введенский храм, обезглавлены и превращены в овощные хранилища и хозяйственные базы другие церкви. Лишь Георгиевский храм миновала горькая участь поругания, закрытия или занятия обновленцами. 1960-е годы во многом довершили расправу над церквами.
Как и в других частях страны, празднование 1000-летия Крещения Руси в 1988 году ознаменовало поворот к духовности и начало возрождения полноты церковной жизни на Кубани. Стали массово открываться храмы, возрождаться монастыри, воссоздан войсковой казачий собор Александра Невского. Обустраевается образовательная система епархии.
По представлению архиепископа Краснодарского Исидора Священный Синод Русской Православной Церкви 26 февраля 1994 года выделил из состава Краснодарской самостоятельную Майкопскую епархию на территории Республики Адыгея и 13 районов Краснодарского края, но 28 декабря 2000 года приходы в пределах Краснодарского края были возвращены Краснодарской епархии. Вероятно тогда же Краснодарской епархии были переданы и приходы в Армении.
12 марта 2013 года из епархии были выделены Армавирская, Ейская, Новороссийская и Тихорецкая епархии, после чего в ведении Екатеринодарской кафедры были оставлены городские округа Краснодар, Горячий Ключ и Сочи; Абинский, Апшеронский, Белореченский, Динской, Красноармейский, Северский, Туапсинский районы на юге Краснодарского края, а также Армения. Одновременно Екатеринодарская епархия была определена центром новоучрежденной Кубанской митрополии.
